Zum Monitoring gehört auch die Erfassung genetischer Informationen der Wölfe in Hessen. Hierfür arbeitet Hessen - wie alle Bundesländer - mit dem Nationalen Referenzzentrum für Genetische Untersuchungen an Luchs und Wolf bei der Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung zusammen. Als Grundlage für genetische Untersuchungen eigenen sich z.B. Kotproben von Wölfen und Abstriche von gerissenen Beutetieren. Im Labor wird zunächst der mitochondriale Haplotyp bestimmt. Der Haplotyp ist eine Variante eines zusammenhängenden DNA-Abschnitts im Mitochondrium. Er wird ausschließlich mütterlicherseits vererbt und dient der Herkunftsbestimmung von Wölfen. Für Deutschland ist mit über 90 Prozent der häufigste Haplotyp HW01, aber auch HW02 kommt in einigen Rudeln vor. Die Herkunft umfasst Deutschland sowie West- und Mittelpolen. Selten werden über zuwandernde Wölfe weitere Haplotypen, zum Beispiel aus Südost-Polen (HW03) oder aus der Alpenpopulation (HW22) in Deutschland nachgewiesen.
Erstellung eines genetischen Profils
In einem zweiten Schritt wird anhand der DNA im Zellkern ein individuelles genetisches Profil, der sogenannte Genotyp, ermittelt. Der Genotyp ist für jeden Wolf einzigartig und erlaubt somit die Individualisierung von Wölfen. Im Labor wird für jeden in Deutschland nachgewiesenen Wolf ein Laborkürzel vergeben, welches sich aus den Anfangsbuchstaben GW (für Genetic Wolf), einer fortlaufenden Nummer, sowie dem Buchstaben f für „female“ (engl. für weiblich) und m für „male“ (engl. für „männlich“) zusammensetzt.
Umweltproben als Ausgangsmaterial
Die genetischen Analysen im Wolfsmonitoring basieren auf Umweltproben, welche den Witterungsbedingungen sowie weiteren Einflüssen, wie Kontakt mit Fremd-DNA, ausgesetzt sind. Aus diesem Grund ist es nicht immer möglich, eine genetische Analyse erfolgreich durchzuführen. Es gilt zudem zu bedenken, dass nicht jede Probe mit Verdacht auf Wolf auch tatsächlich von einem Wolf stammt und somit Wolfs-DNA enthält.